Perumda BPR Bank Jogja adalah perusahaan milik Pemerintah Kota Yogyakarta yang didirikan pada 12 Mei 1961. Pada periodesasi awal pendiriannya, Bank Jogja awalnya bernama PD BPR Bank Pasar Kotamadya Dati II Yogyakarta. Seiring dinamika perkembangan yang terjadi, pada tahun 2003 berdasarkan Perda No. 5 Tahun 2003, PD BPR Bank Pasar Kotamadya Dati II Yogyakarta berganti nama menjadi PD BPR Bank Pasar Jogja Kota Yogyakarta. Perubahan nama ini sekaligus diiringi dengan perubahan Modal Dasar Perusahaan dari Rp100.000.000,- (seratus juta rupiah) menjadi sebesar Rp15.000.000.000,- (lima belas miliar rupiah). Inilah momentum awal perusahaan daerah milik Pemerintah Kota Yogyakarta ini beroperasi layaknya BPR pada umumnya.
Perkembangan usaha PD BPR Bank Pasar Jogja Kota Yogyakarta yang semakin membaik, menjadikan BPR ini dituntut lebih modern dan memiliki standar operasional dan layanan sebagaimana perbankan pada umumnya yang modern, profesional, dan profitable. Spirit modernisasi ini kemudian diimplementasikan pada tahun 2008. Berdasarkan Perda No 4 Tahun 2008, kembali terjadi perubahan nama menjadi PD BPR Bank Jogja Kota Yogyakarta serta adanya perubahan modal dasar menjadi Rp45.000.000.000,- (empat puluh lima miliar rupiah), pada tahun 2015 berdasarkan perda Nomor 5 Tahun 2015, terjadi perubahan modal dasar Bank Jogja menjadi sebesar Rp100.000.000.000,- (seratus miliar rupiah), terkhir pada tahun 2019 berdasarkan perda Nomor 7 Tahun 2019, terjadi perubahan bentuk badan hukum dan nama perusahaan dari yang semula berbadan hukum Perusahan Daerah menjadi Perusahaan Umum Daerah dan dari nama PD BPR Bank Jogja Kota Yogyakarta menjadi Perumda BPR Bank Jogja perubahan tersebut untuk menyesesuaikan Peraturan Pemerintah Nomor 54 Tahun 2017 tentang Badan Usaha Milik Daerah, pada tahun 2019 juga terdapat perda Nomor 8 tahun 2019 yang menetapkan modal disetor Perumda BPR Bank Jogja menjadi Rp350.000.000.000,- (tiga ratus lima puluh miliar rupiah), Perubahan nama yang sekaligus diiringi perubahan logo baru ini benar-benar mencerminkan tumbuhnya spirit baru di perusahaan ini untuk membangun jati dirinya menjadi perusahaan perbankan yang berdedikasi tinggi pada pemberdayaan masyarakat ekonomi kerakyatan di Yogyakarta Semangat baru ini pula yang saat ini sedang terus ditumbuhkan agar selalu menjadi aset penting dalam menjalankan aktivitas operasional dan layanan perbankan prima kepada seluruh nasabah, serta dapat menjadi salah satu alternatif solusi berbagai persoalan perekonomian yang ada di Kota Yogyakarta dan sekitarnya.